Можно, но через ипотеку проще провести расчеты - продавец получает свои деньги сразу. А если вы не будете "связываться с ипотекой", то ему придется ждать денег из СФР. Это не так долго (от 15 до 25 дней), но все равно - время, плюс опасение, что будет отказ.

В общем, если продавец готов получить часть денег по сделке через СФР, то можете оформить сделку без ипотеки. Проблема в том, что найти такого продавца будет сложнее. Плюс, условия сделку могут быть хуже (типа, дополнительные риски - хотим получить компенсацию).

Можно покупать за любую сумму: больше, меньше или равно. Без разницы.
Если больше, то доплачиваете любым возможным способом.
Если меньше, то тратите только часть маткапитала, остаток никуда не исчезнет. Можете воспользоваться остатком в будущем.
Покупать недвижимость можете в любом регионе РФ.

"Можно ли будет списать полностью сумму с материнского капитала и доплатить наличными 20 000?" - если на это согласится продавец. все вопросы оплаты согласовываются с ним. теоретически можно все, но если ему не хочется связываться с маткапом, то вряд ли вы его переубедите.

Дополню Евгения.
Помимо перечисленных условий можно использовать маткап напрямую продавцу (без ипотеки), если у н/л российское гражданство и ребенку должно исполниться три года.